Conservarea biodiversității este una dintre direcțiile strategice ale ONG Mare Nostrum. Pe această linie, organizația derulează multiple proiecte, care promovează zonele pitorești din Dobrogea și oferă o alternativă la turismul clasic,  protejând biodiversitatea din zone precum: Cheile Dobrogei, Allah Bair, Canaraua Fetii și zona Casian. În aceste zone biodiversitatea este pusă în pericol din cauza intruziunii omului. Eforturile noastre au dus la stoparea unor activități antropice în aceste regiuni, precum și la crearea unor trasee turistice interactive, în ideea de a promova unicitatea acestor arii. 

De-a lungul timpului, ONG Mare Nostrum a organizat și coordonat o serie de proiecte destinate conservării biodiversității și a ariilor protejate (prin proiecte cu finanțare proprie, dar și finanțate prin programe cum ar fi Life Natura, GEF-SGP, Phare CBC, POS Mediu, CBC Joint Operational Program, Black Sea Joint Operational Programme).